İstanbul Üniversitesi Çocuk Sağlığı Enstitüsü’nün akademik çalışmaları ve uygulamaları, çocuk sağlığı alanında lisansüstü düzeyde eğitim etkinlikleri, çocuk sağlığı sorunlarının çözümüne katkıyı amaçlayan bilimsel araştırma yürütmek, koruyucu sağlık hizmetleri başta olmak üzere pediatrinin çeşitli dallarında sağlık hizmetleri vermek ilkelerine dayalıdır.

İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı olarak, 1982 yılında 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 3. ve 12. maddeleri gereğince 47 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulan Çocuk Sağlığı Enstitüsü, tüzel kişiliği olan bir kuruluştur. Enstitü, kuruluşundan beri İstanbul Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim dalı ile birlikte personel ve hizmet ayrımı gözetilmeksizin servis, laboratuvar, dershane kütüphane ve poliklinik çalışmalarını ortaklaşa olarak aynı yerde yürütmektedir. 1994 yılından 2009 yılına kadar İstanbul Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı ile işbirliği içinde Kadın ve Çocuk Sağlığı Eğitim ve Araştırma Birimi’nde eğitim, araştırma ve sağlık hizmeti sunulmuştur.

Enstitüde tıpta uzmanlık öğrencileri, çocuk hastalıkları uzmanı, yandal uzmanlarının yanı sıra halk sağlığı, ruh sağlığı, demografi, sosyoloji, antropoloji, pedagoji ve beslenme, biyoistatistik, biyokimya, biyoloji, moleküler genetik ve fizyoterapi disiplinlerinde elemanlar çalışmaktadır.

Enstitü Anabilim Dallarının kurulmasına yönelik Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı'nın 23 Aralık 1982 tarihli 82/655 sayılı kararı ile Enstitümüzde Ana–Çocuk Sağlığı, Çocuk Nörolojisi, Çocuk Beslenmesi, Çocuk Metabolizması, Tıbbi Genetik, Oksoloji, Neonotoloji, Çocuk Nefrolojisi, İnfeksiyon Hastalıkları, Acil Pediatri ve Pediatrik Hematoloji-Onkoloji alanlarında yüksek lisans, Sosyal Pediatri dalında doktora  eğitimi verilmektedir.  Enstitünün lisansüstü eğitim programlarından 183  lisansüstü öğrenci mezun edilmiş, şu an 61 öğrenci eğitimini sürdürmektedir.

Enstitümüz kurulduğu günden itibaren tıpta uzmanlık eğitimini sürdürmektedir. Bugüne kadar 105 Tıpta Uzmanlık Öğrencisi eğitimlerini başarı ile  tamamlamış olup, halen 9 öğrenci uzmanlık eğitimini sürdürmektedir. Tıpta Uzmanlık Öğrencimiz Dr. Mehmet YILDIZ 2017 Aralık ayında yapılan Yan Dal Uzmanlık Sınavı (YDUS)'nda 991 kişi arasından Türkiye birincisi olmuştur.

Evrensel boyutta multidisipliner alanlarda yetkin kişiler yetiştirerek ülkemiz çocuklarının sağlık kalitesini geliştirip yükseltmek. Yeni bilgi ve teknolojiyi kullanarak verdiği ileri düzey eğitim ile çocuk ve ergen sağlığının geliştirilmesini amaçlayan araştırmaları planlayan, yürüten ve uygulayan bilim insanları yetiştirmektir.

Çocuk sağlığı alanındaki hizmet, eğitim ve araştırmalarıyla uluslararası düzeyde saygın ve tercih edilen, toplumsal gereksinmelere dayalı çağdaş bilim adamı ve uzman yetiştiren multidisipliner bir kurum olmak. Çocuk sağlığı alanında her türlü sorunu tanımlama, çözme ve önlemeye yönelik ileri araştırma ve eğitim olanakları sunan lider bir kurum olmaktır.